Процессор -- не знаю, никогда такого не было (процессор, память, диск R/W у меня
постоянно отображаются).

Да, процессор может (не всегда!) загружаться на 100% (общее потребление по системному счётчику), если идёт обмен по USB (флешка, например). "Не всегда" -- это зависит от скорости обмена в основном. (В NT4 наоборот -- даже при интенсивном обмене с флешкой загрузка процессора -- считанные проценты.)
Память -- дисковый кэш. Посмотрите, какие у вас значения параметров в разделе [vcache] SYSTEM.INI. Особенно MaxFileCache (число там в кб). Пол-памяти и больше лучше не ставить (хотя это зависит от общего кол-ва памяти и выполняемых задач). Я на одной машине с 1 гб ставил кэш ровно вполовину (512 мб /а больше и нельзя, вроде бы/) -- всё работало прекрасно.
Может, если SWAP не постоянный (постоянный, когда MinPagingFileSize == MaxPagingFileSize), то это тоже влияет на память (не уверен).
Вообще, советую найти MSDN от VS 5 (или 6, но 5 -- лучше) и почитать там про параметры SYSTEM.INI и WIN.INI, что там описываются для Win 3.1 (интересное чтение). Они почти все имеют то же значение и смысл (я дизассемблировал несколько драйверов от WinMe, поэтому точно знаю). Наглядный пример: частая проблема с макс. числом открытых DOS-файлов в WinMe (параметр PerVMFiles) описана уже в Win 3.1. Это там в разделе SDK, кажется (впрочем, там есть поиск, а ключевых слов я тут уже наприводил в количестве).
Я пишу уже по слабой памяти (больше 10 лет назад всё это делал и читал), поэтому за деталями лучше обращаться к MSDN.